A Nemzeti Botanikus Kert Magbankja természetvédelmi-fajmegőrzési, illetve génbanki céllal létesült. A Magbank több évtizedes vagy akár évszázados időtávon biztonsági tárolóként szolgál a veszélyeztetett fajok vadon élő populációinak váratlan káresemény hatására bekövetkező pusztulása vagy drasztikus egyedszámcsökkenése esetére, egyben kutatási bázisanyagot is biztosít például magélettani, szaporodásbiológiai vagy a növénytársulások stabilitásának és változatosságának fenntartását célzó vizsgálatokra is.
Magbanki gyűjteményünk elsősorban a Pannon biogeográfiai régióban őshonos, másodsorban a hazai élőnövény-gyűjteményekben fellelhető értékes, ritka, külhonos, tárolásra alkalmas magvú növényfajokat célozza. A természetes élőhelyeken történő gyűjtések során kiemelt figyelmet fordítunk arra, hogy csak annyi magot gyűjtsünk, ami nem veszélyezteti az érintett növénypopulációk túlélését.
A Magbanki gyűjtemény alapját a több évtizedre visszamenőleg megőrzött, a botanikus kertek között zajló nemzetközi magcsere céljából, valamint a 2010–2014 között, a Pannon Magbank-projekt megvalósítása során begyűjtött és betárolt tételek képezik. Utóbbi eredményeként 910 faj 1853 tételét őrizzük, amelyek magukban foglalják 204, hazai jogszabály által védett növényfaj 364 magtételét, valamint 45 fokozottan védett növényfaj 76 tételét.
A honos és külhonos fajok magtételeinek megőrzésével intézményünk nagyban járul hozzá hazánk nemzetstratégiai jelentőségű géntartalékainak fenntartásához és gyarapításához, valamint a Biológiai Sokféleség Egyezmény keretében kitűzött nemzetközi célok teljesítéséhez.
A Magbank csak esetileg, tematikus napokon, előzetes bejelentkezéssel, szakvezetés keretében látogatható.