A kezdetektől 1870-ig
Korabinszky Mátyás 1786-ban megjelent könyve már két rátóti udvarházról tudósít. A Kertről az első említés a XIX. század első feléből, a Géczy család 1846-ig tartó földbirtokosságának idejéből származik. Valószínűleg egy egyszerű, átlagos angolkert lehetett a Sződrákosi-patak baloldali völgybevágódásának lankáin, olyan, mint a többi középnemesi kastély parkja. Az 1842-es katonai térképen már jól látható a Kert a kacskaringós útrendszerrel, tisztásokkal, nagyjából a mai kert méretének megfelelően.
1871–1921
Többszöri tulajdonosváltást követően 1871-ben döntő esemény történt a Kert története szempontjából: Vigyázó Sándor vásárolta meg a birtokot annak összes felszerelésével, állatállományával, ingóságaival együtt.
Vigyázó Sándor (1825–1921) széles látókörű, szigorú erkölcsű, nagyszerű hazafi volt. Hatalmas vagyonát tovább növelte felesége, Podmaniczky Zsuzsanna hozománya is. Három gyermekük született. A legidősebb közülük Josefa, Bolza Pál grófhoz ment feleségül, aki a nagybátyjáról Pepi-kertnek elnevezett arborétum megálmodója és felvirágoztatója volt Szarvason. A fiatalabb Vigyázó fiú még ifjú korában hunyt el, az idősebb fiú, Ferenc pedig nem alapított családot.
Az ifjú házaspár kezdetben Bécsben élt, de a hazafias érzelmű Vigyázó Sándor haza kívánkozott, ezért az új birtokán lévő régi kastélyt eklektikus stílusban átépíttette és méltóképpen bebútoroztatta. A nagy műveltségű birtokos szerette a természetet is, fiatal korában végiglátogatta Nyugat-Európa számos jelentős parkját. Rátóti kastélykertjének átalakítására a legjobb hazai kerttervezőt, a József főhercegnek is dolgozó, hírneves Jámbor Vilmost hívta meg. Néhány évtized alatt Band Henrik főkertész irányítása mellett, óriási költségekkel létrejött a kor stílusának megfelelő, szentimentális tájképi kert, pontosan a mai kert kiterjedésének megfelelően. Ennek stíluselemeit (tagolt felszín, tórendszer, mesterséges vízesés, tágas tisztások, nagy vue-k szélükön különleges színű vagy alakú fákkal stb.) és a múlt felé forduló, historizáló életérzést kifejező kerti építményeket (Vízimalom, Műrom, Sziklaalagút) mindmáig láthatjuk.
A Kerten átfolyó Sződrákosi-patak vizének felhasználásával, hatalmas földmunkával és a meglévő tó hasznosításával összefüggő tórendszert alakítottak ki. A kitermelt nagy mennyiségű földdel a lankás domboldalakat még változatosabbá tették. A Vác fölötti Naszály-hegyből több éven át szekerekkel szállították a Kert építéséhez szükséges, többmázsás köveket, és természetesnek tűnő sziklás oldalakat alakítottak ki. A Kert romantikus hangulatának fokozására a patak partjára 1890-ben vízimalmot építettek. A Sziklás-tó feletti keskeny szurdokvölgyben mesterséges vízesést létesítettek, 1904-ben pedig felépült a patak közelében a gótikus stílust utánzó Műrom. A XIX. század végén már hódított az új kertstílus, az ún. gyűjteményes (dendrológiai) kert, amely minél több egzótát felvonultató, de esztétikus kialakítású élőnövény-gyűjtemény volt. Ez a gyűjtemény szolgáltatta a mai botanikus kert alapját.
1921–1952
1921-ben, 96 éves korában elhunyt gróf Vigyázó Sándor. Végrendeletében roppant vagyonát, könyvtárát, értékes műtárgygyűjteményét, kastélyait, városi palotáit és sok ezer kataszteri hold földjét a Magyar Tudományos Akadémiának ajándékozta. Fia, Ferenc hasonló szellemben végrendelkezett, aki édesapját csupán hét évvel élte túl. Örökösödési perek és tulajdonosváltások során az évek múltával a Kert és a kastélyépület állapota sokat romlott. Utóbbit az 1930-as évek végén lebontották, helyére felépítették a ma is látható kúriaépületet. A Kert pusztuló fenyőgyűjteményének helyére gyümölcsöst telepítettek.
A második világháború – mint megannyi csodálatos szépségű, értékes kastélykertünkben – Vácrátóton is borzasztó pusztítást okozott. 1945 nyarán több száz orosz katona állomásozott itt, földbe ásott bunkerekben, sátrakban. A harcok elmúltával szanaszét téglatörmelék, autóroncsok, kerekek, vasdarabok hevertek, köztük lőszer és hadianyag-maradványok. A Kúria minden ajtaja, ablaka hiányzott, az épületet kifosztották, feldúlták, a szobák trágyával voltak tele, mivel azokat istállónak használták. A Kert útjait felverte a gaz, tavai feliszapolódtak, fáit folyamatosan tüzelte a lakosság. A világháború után gazdátlanná vált, 1946-ban az Országos Természettudományi Múzeum kapta meg. Az újjáépítés során több mint kétszáz kocsi szemetet és hulladékot kellett elszállítani területről.
1952 után
A háborút követően 1952-ben megvalósult az örökhagyók szándéka, az ingatlan a Magyar Tudományos Akadémia birtokába került, majd 1952. január 1-jén megalakult benne az MTA Botanikai Kutatóintézete.
A modern botanikus kert kialakításában elévülhetetlen érdemeket szerzett az intézet hajdani igazgatóhelyettese Ujvárosi Miklós (1913–1981) professzor. A Kert fejlesztésének a fő szempontja volt, hogy az új gyűjteménycsoportok összeállításakor is megőrződjön a Kert régi formája. A múlt században készült kertterv felhasználásával helyreállították az eredeti úthálózatot, megtisztították a területet a gyomfáktól és bozóttól, a több évtizede eliszaposodott tavakat és patakmedret kitisztították, valamint új műtárgyak, fahidak épültek. Az óriási iszapmennyiséget a terület feltöltésére használták. A pusztuló növényzet pótlására nagyarányú növényszaporításba kezdtek, s kialakult a négy gyűjteményi egység.
Rövid időn belül sikerült a Kertet olyan állapotba hozni, hogy 1961. május 1-jén hivatalosan is megnyithatta kapuit a nagyközönség előtt. Az első évben csak hatezer látogatója volt, de az 1970-es évek derekán már évente 110–130 ezer vendég kereste fel a Kertet, hogy botanikai ismereteit bővítse, felüdülést, pihenést nyerjen.
Azóta folyamatosan történtek fejlesztések a Kertben. Új raktár és műhelyépületek létesültek, az üvegházak új típusú fűtésrendszert kaptak, a kerti öntözőrendszer nagy részét korszerűsítették, s a tájképi kerti építményeket is renoválták. A változások és fejlesztések mellett ugyanakkor az elmúlt évtizedekben mintegy felére csökkent a kerti dolgozók létszáma, nem kis nehézséget okozva ezzel a Kert megfelelő szinten tartásában. Ez a tendencia csak az 1990-es évek közepére állt le.
Az ezredforduló óta a látogatók tájékoztatására új térképek, ismertetőtáblák kerültek kihelyezésre és a tanösvények mintájára tanséta útvonalakat jelöltünk ki. Elkészült a Berkenyeház kiállítása, és megépült az Kaktusz- és Pozsgásház, a Karbonház a Túl nagy lábon élünk! című kiállítással, végül az Orchidea- és Broméliaház.
A Botanikus Kert vezetői az 1979-ben nyugállományba vonult Ujvárosi Miklós után Pócs Tamás, Borhidi Attila, Kereszty Zoltán és Kósa Géza voltak. 2020 óta Zsigmond Vince vezeti a Kertet.
